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GTEx: Genotype-Tissue Expression

Am ehrgeizigen, internationalen Forschungsprojekt Genotype-Tissue Expression (GTEx) beteiligte Wissenschaftler haben sich vorgenommen, eine Daten- und Gewebebank zu erstellen, die für verschiedene Gewebe aufzeigt, welche Gene dort jeweils aktiv sind.

Illustration: © Ernesto del Aguila, NHGRIFür das GTEx-Projekt werden sowohl die DNA als auch die RNA erfasst. Im Fachjournal “Science” wurden am 8. Mai 2015 die ersten Resultate präsentiert. Diese umfassen mehr als 43 Gewebetypen von 175 Verstorbenen sowie 1.600 Proben.

“Je mehr Proben gesammelt werden, desto besser können Wissenschafter die Effekte der Gene und ihrer Expression verstehen, respektive welche Gewebe zu bestimmten Krankheiten beitragen”, schrieb die Universität Genf kürzlich in einer Mitteilung. Bis zu Projektende werden Proben von 900 Personen angepeilt.

Das US-National Institute of Health (NIH) finanziert das Projekt mit 100 Millionen Dollar, die Co-Leitung obliegt Emmanouil Dermitzakis von der Universität Genf und dem Schweizer Institut für Bioinformatik.

Die ersten Resultate ergaben, dass in Geweben vorwiegend einige wenige Gene exprimiert werden, und zwar jeweils andere in unterschiedlichen Geweben. Doch auch die gleichen Gene können abweichende Wirkungen zeigen, wenn sie in verschiedenen Körperteilen aktiv sind.

The GTEx Consortium
The Genotype-Tissue Expression (GTEx) pilot analysis: Multitissue gene regulation in humans
Science 8 May 2015: Vol. 348 no. 6235 pp. 648-660, DOI: 10.1126/science.1262110

Greg Gibson
GTEx detects genetic effects
Science 8 May 2015: Vol. 348 no. 6235 pp. 640-641, DOI: 10.1126/science.aab3002

Marta Melé, Pedro G. Ferreira, Ferran Reverter, David S. DeLuca, Jean Monlong, Michael Sammeth, Taylor R. Young, Jakob M Goldmann, Dmitri D. Pervouchine, Timothy J. Sullivan, Rory Johnson, Ayellet V. Segrè, Sarah Djebali, Anastasia Niarchou, The GTEx Consortium, Fred A. Wright, Tuuli Lappalainen, Miquel Calvo, Gad Getz, Emmanouil T. Dermitzakis, Kristin G. Ardlie, Roderic Guigó
The human transcriptome across tissues and individuals
Science 8 May 2015: Vol. 348 no. 6235 pp. 660-665, DOI: 10.1126/science.aaa0355

Elizabeth Pennisi
New database links regulatory DNA to its target genes
Science 8 May 2015: Vol. 348 no. 6235 pp. 618-619, DOI: 10.1126/science.348.6235.618

Quelle: APA, Université de Genève